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L'isediamento di S.Arcangelo che ingloba vari borghi, è strettamente legato all'omonima antica abbazia benedettina (Badia di S.Arcangelo). Essa appare documentata fin dal 1115, quando se ne confermò la proprietà al monastero perugino di S.Pietro. Nel XIV sec. il monastero si rese indipendente con un proprio abate e nel XV sec, rimasto senza monaci, fu annesso al Collegio della Sapienza Nuova. I rettori del collegio, pe ripopolare le terre del monastero, le cedettero a colonia perpetua a dei nomadi che visi stanziarono. Dopo l'assegnazione dei terreni, l'abbazia fu ridotta a fattoria e la chiesa fu trasformata in parrocchiale. La chiesa, dedicata a S.Michele Arcangelo e risalente al sec.XI, presenta un unica navata con abside semicircolare e una cripta del sec.X. Attualmente è adibita a fini residenziali.

A S.Arcangelo è situato un Centro Ittiogenico, molto importante per il lago Trasimeno, unico delsuo genere il Italia, la cui ricerca è finalizzata alla riproduzione e all'allevamento delle specie ittiche d'acqua dolce per il ripopolamento del lago.